Der Baugrund für die Universität am Sanderring  wurde im Dezember 1876 gewählt um eine neue Bibliothek zu errichten. Die Pläne gerieten jedoch zunächst wegen anderer wichtigerer Neubauten in Vergessenheit. Letztendlich war es Professor Georg Schanz, ein deutscher Rechts- und Staatswissenschaftler, der den Überlegungen eine neue Wendung gab. In der Senatssitzung am 9. März 1885 vertrat er den Standpunkt, man solle das alte Universitätsgebäude in der Domerschulstraße ganz der Bibliothek und dem kunstgeschichtlichen Museum überlassen und auf dem für die Bibliothek bestimmten Bauplatz ein Kollegienhaus errichten.

Die Idee fand positive Resonanz. Ende 1892 wurde der Neubau im Stil der Spät-Renaissance unter dem Architekten Rudolf Ritter von Horstig in Angriff genommen.

Beim Bombenangriff am Abend des 16. März 1945 ereilte die Neue Universität dasselbe Schicksal wie die restliche Innenstadt, sie wurde größtenteils zerstört. Der Wiederaufbau begann noch im Sommer 1945. Zunächst machten sich freiwillige Helfer ans Werk, darunter auch Professoren und Studenten, die Schutt räumten und Baumaterial beschafften.

Im Herbst 1945 nahm die Theologische Fakultät behelfsmäßig den Lehrbetrieb wieder auf. Im Januar 1946 schlossen sich die Philosophische und Naturwissenschaftliche Fakultät an. Erstes, ordentliches Hörsaalgestühl wurde erst 1949 installiert. Ende 1950 waren für den Aufbau der Neuen Universität 2,15 Millionen Mark ausgegeben worden – das entspricht rund zehn Millionen Euro in heutiger Zeit.

1955 wurde das Auditorium Maximum als „reiner Zwecksaal“ mit rund 500 Plätzen eingeweiht.  Bis heute hat das Audimax die nüchterne Ausstattung behalten – abgesehen von drei großen Rundbogenfenstern mit integrierten Türen, die Zugang zu den Balkonen bieten und viel Tageslicht in den Raum lassen.

1960 übergab das Universitätsbauamt das Gebäude offiziell an die Universität – zu einer Zeit, als bereits die nächste Erweiterung in Form eines vierten Flügels geplant war, denn die Hochschule wuchs weiter. Für den vierten Flügel, in dem heute die Volks- und Betriebswirtschaftler untergebracht sind, standen mehrere Modelle zur Diskussion, unter anderem der Bau eines Hochhauses im Anschluss an den Westflügel hin. Schließlich wurde der neue Flügel so angelegt, dass er zusammen mit den drei Flügeln des Altbaus eine große Halle umschließt, den Lichthof, geeignet für Ausstellungen, Feste – oder auch für Sit-ins. Seit 1970 ist dieser der Mittelpunkt des Neuen Universitätsgebäudes. In Wandnischen der Ost- und Westseite sind plastisch dargestellt: Adam und Eva, ihnen vis-à-vis der Baum der Erkenntnis. Dem historischen Siegel der Universität steht das Bayerische Staatswappen gegenüber. Versinnbildlicht sind auch die Weltkugel und die Stadt Würzburg, letztere in ihren Farben Rot und Gold in Art eines Mobile. Schließlich ist Julius Echter in Stein portraitiert, dem Neubegründer der Universität und Namensgeber – ein Werk des Würzburger Bildhauers Helmuth Weber.